1.遗传
遗传因素对孤独症的作用已趋于明确，但具体的遗传方式还不明了。
2.围产期因素
围产期各种并发症，如产伤、宫内窒息等较正常对照组多。
3.免疫系统异常
发现T淋巴细胞数量减少，辅助T细胞和B细胞数量减少、抑制-诱导T细胞缺乏、自然杀伤细胞活性减低等。
4.神经内分泌和神经递质
与多种神经内分泌和神经递质功能失调有关。研究发现孤独症患者的单胺系统，如5-羟色胺(5-HT)和儿茶酚胺发育不成熟，松果体-丘脑下部-垂体-肾上腺轴异常，导致5-HT、内啡肽增加，促肾上腺皮质激素(ACTH)分泌减少。
5.心理理论
Baron-Cohen等在1995年提出自闭症者系因缺乏了解自己和他人的心理状态所造成的，因此有无法认知他人脸部表情、或传达情感困难(但是能理解喜爱和简单的情感)、不会表达手势、无法理解他人有不同的讯息、无法区辨真实与外表、不会想象或欺骗假装、亦无法处理会话中的新旧讯息等社会沟通障碍。
儿童自闭症的原因，可以导致自闭症的原因是非常多的，上述中的几个方面是重点，对于这方面一定要有足够的重视，事实上，很多情况下的自闭症，都是因为生活环境，以及心理方面的因素而导致，要高度警惕。
